انبار خرده بار راه آهن یزد در میدان راه آهن، نبش کوچه بنفشه و در فاصله 700 کیلومتری تهران واقع شده است. ساعت کار این انبار 8:30 الی 14 می باشد و امکان ارسال خرده بار از این طریق فراهم می باشد. علاوه بر این عملیات بسته بندی، تخلیه و بارگیری نیز در انبار خرده بار راه آهن یزد انجام می گیرد. قطار تهران هر روز در ساعت 19 وارد ایستگاه شده و در ساعت 2:15 دقیقه نیز خارج می گردد. البته این زمان ممکن است متغیر باشد و بهتر است استعلام گرفته شود. انباری مسقف برای نگهداری کالا در این ایستگاه درنظر گرفته شده است.